该课题采用分子生物学方法对猪的生长与肉质、繁殖、脂肪、抗病性等重要经济性状的多个功能基因进行了系统的研究。课题组成员利用电子克隆、同源克隆和RACE等方法，首次克隆了大白猪CAPN1等10个生长与肉质性状基因、OPN等4个繁殖性状基因、HNF-4α等6个脂肪性状基因和SLA-DR等4个抗病基因。通过对猪的胃、肾、脾、肺、心、肝、大肠、小肠、性腺、子宫、肌肉（背肌和腿肌）等研究，了解了CstB等30个基因在不同发育时期的大白猪、野家杂交猪及成年野猪各组织中的表达模式，并构建了组织图谱；通过Real-time PCR方法初步确定了Krox20在脂肪形成、脂类代谢和肌肉发育中的重要作用；通过对25个基因变异位点扫描和多态性分析，共寻找到47个SNPs位点。 同时，科研人员还利用RNAi、过表达和Real time PCR技术，在所建立的4种细胞系平台，进行了17个基因的功能研究。在骨骼肌卫星细胞系内确定了GDF8、MyoD、Smad3在肌细胞增殖中的作用，绘制了基因调控的网络关系图；在前体脂肪细胞系内确定了Krox20在脂肪细胞增殖和前体脂肪细胞分化中的作用，发现Krox20能够影响脂肪细胞分化转录因子PPARγ、C/EBPβ和SREBP-1的表达；在成纤维细胞系、子宫内膜上皮细胞系和气道上皮细胞系内确定了维生素A、甲状腺素运载蛋白、孕激素、雌激素和干扰素对RBP、TTR、OPN、RARs、RXRs和Mx1基因表达的作用。

该课题的研究成果不但对猪的遗传资源和遗传多样性的保护和利用具有重要意义，同时也为猪分子育种和转基因猪研究打下了基础。