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园艺分院内设机构14个：综合办公室、人事科、财务科、科研科、茄科蔬菜育种与栽培研究中心、瓜类育种与栽培研究中心、十字花科蔬菜育种与栽培研究中心、设施园艺研究中心、果蔬植保研究中心、果蔬加工研究中心、浆果育种与栽培研究中心、仁核果育种与栽培研究中心、创意园艺研究中心、新成果示范推广中心。
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